Muktamar IDI XXI Tahun 1991 di Yogyakarta menetapkan Kode Etik Kedokteran Indonesia dan pedoman pelaksanaan KODEKI yang isinya merupakan hasil seminar tertulis penyempurnaan Kode Etik Kedokteran Indonesia yang diselenggarakan oleh Majelis Kehormatan Etik Kedokteran (MKEK) Pusat dan beberapa penyempurnaan oleh Muktamar.
Dengan demikian KODEKI yang semula terdiri dan Pasal-Pasal dan penjelasannya maka sesuai dengan ketetapan Muktamar XXI disusun menjadi:
KODEKI
Berisi pasal dan penjelasan ringkas.
Pedoman Pelaksanaan Kode Etik Kedokteran Indonesia.
Berisi penjelasan dan petunjuk serta contoh pelaksanaan KODEKI.
Melalui Musyawarah Kerja Nasional (Mukernas) Etika Kedokteran III Tahun 2001, dilakukan revisi terhadap pasal-pasal dan penjelasan KODEKI guna menyesuaikan dengan tantangan permasalahan yang ada. Dalam KODEKI Revisi Tahun 2001 ini, dimasukkan addendum penjelasan khusus dan beberapa pasal dan addendum khusus permasalahan implementasi KODEKI untuk memperkaya wacana dan berbagai persoalan yang berkembang pada Pedoman Pelaksanaan KODEKI. Jumlah pasal pada KODEKI juga disesuaikan dengan perkembangan yang ada. Untuk selanjutnya Mukernas Etika Kedokteran III menganjurkan agar permasalahan-permasalahan yang berhubungan dengan etik dimana sifatnya sangat dinamis dapat selalu dibahas melalui rapat-rapat rutin MKEK, untuk sementara di masukkan dalam addendum terlebih dahulu sambil menunggu ketetapan yang secara organisasi dapat lebih dipertanggung jawabkan
KODEKI bersifat lebih langgeng, sedangkan pedoman pelaksanaan KODEKI dapat berubah sesuai perubahan tata nilai, serta keadaan yang dipengaruhi oleh adat istiadat dan tata nilai setempat.
